Cornelia Caroline Funke è nata nella città tedesca di Dorsten, in Westfalia. Da bambina voleva diventare dapprima astronauta e poi pilota. Diversi anni dopo, ha deciso di studiare pedagogia all'Università di Amburgo, dove si è laureata. Ha lavorato per circa tre anni con bambini socialmente svantaggiati per poi dedicarsi a illustrare libri per ragazzi.
A un certo punto ha deciso di scrivere lei stessa dei romanzi e ha ottenuto subito un grande successo con i libri Il cavaliere dei draghi (1996) e Il re dei ladri (2000, tradotto in italiano nel 2004).
Il romanzo che l'ha resa famosa è stato però Cuore d'inchiostro, vincitore nel 2003 del premioBook Sense Book of the Year Children's Literature. I romanzi della Funke, tradotti in 23 lingue, hanno ottenuto un tale successo che nel 2005 il Timesl'ha inserita nella classifica dei "100 artisti più influenti del mondo".
Considerata la "Joanne K. Rowling tedesca" la Funke fonda il suo successo su personaggi ben tratteggiati e storie avvincenti ispirate alla vita quotidiana che sanno tenere con il fiato sospeso.
Oltre a scrivere romanzi, Cornelia Funke ha iniziato a lavorare per la televisione e attualmente vive a Los Angeles con il marito e i due figli.